Rejoignez Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno et Sai alors qu'ils se voient confier une mission pour capturer un ninja déserteur, Mukade. Ils commencent par se rendre aux ruines de Roran et découvrent bientôt que le plan de Mukade est de prendre le contrôle des Cinq Grandes Nations Shinobi.